Identifikasi Filogenetik Striped snakehead Menggunakan Gen Cytochrome Oxidase I (COI) Sungai Tamuku Kabupaten Luwu Utara

Striped snakehead (Channa striata) adalah ikan ekonomis penting di Sulawesi Selatan. Salah satu informasi penting Cytochrome oxidase I (COI) atau DNA barcode telah banyak mendapat perhatian dan banyak digunakan oleh ahli ekologi dalam mengidentifikasi satu spesies dari suatu spesimen. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi ikan gabus spesies (Channa striata) serta menganalisis haplotype, rekontruksi filogenetik dan jarak genentik ikan gabus menggunkan DNA barcoding di Sungai Tamuku Kabupaten Luwu Utara. Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi database ikan gabus dimasa yang akan datang. C. striata liar dari Sungai Tamuku Kabupaten Luwu utara dianalisis menggunakan gen COI mitokondria untuk identifikasi dan analisis keragaman genetik. Identifikasi dilakukan secara molekuler menggunakan marka DNA mitokondria Cytochrome Oxidase Subunit I (mtDNA COI). Menggunakan primer FishF2 dan FishR2. Rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan Maximum Likelihood menggunakan model Kimura 2-parameter dengan boostrap 1000 ulangan yang dianalisis dengan software MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) ver. 10.1.1. Analisis variasi genetik menggunakan program DnaSP ver. 6.12.03. Penelitian ini berhasil mengisolasi parsial sekuen gen COI sepanjang 687 bp tujuh spesimen ikan gabus parsial sekuen gen COI tersebut mengcover 94 – 99% basa nukleotida C. striata yang terdeposit di GeneBank dengan persentase similaritas >98%. Genotipe dengan persen similaritas ≥98% menegaskan bahwa ikan gabus pada penelitian ini adalah C. striata. Terdapat 684 bp (99.56%) situs yang terkonversi, dua situs polimorfik, dua situs indel (insersi-delesi), dua situs parsimony, dan tidak terdapat situs singleton. Genotipe ikan gabus di Sungai Tamuku Luwu Utara membentuk enam haplotype. Gen mt-COI ikan gabus pada penelitian ini cenderung menggunakan AT lebih besar dibandingkan dengan GC, yaitu berkisar 53,28 – 53,58%, sedangkan GC hanya berkisar 46,42 – 46,71%. Persentase GC pada posisi kodon pertama sekitar 45%, kodon kedua sekitar 39% dan kodon ketiga berkisar 50%. Pola komposisi nukleotida gen COI C. striata sama dengan pola komposisi nukleotida Teleostei, bahkan superclass Pisces pada umumnya yaitu T>C>A>G.