KARAKTERISTIK GENOM VIRUS SARS-COV-2 MELALUI ANALISA NEXT GENERATION SEQUENCING PADA PASIEN TERKONFIRMASI COVID-19 PERIODE JANUARI-MARET 2021 DI RUMAH SAKIT PENDIDIKAN UNIVERSITAS HASANUDDIN MAKASSAR = CHARACTERISTICS OF THE SARS-COV-2 VIRUS GENOME THROUGH NEXT GENERATION SEQUENCE ANALYSIS IN CONFIRMED PATIENTS OF COVID-19 PERIOD JANUARY-MARCH 2021 IN EDUCATION HOSPITAL HASANUDDIN UNIVERSITY MAKASSAR

Karakteristik Genom Virus Sars-Cov-2 Melalui Analisa Next Generation Sequencing Pada Pasien Terkonfirmasi Covid-19 Periode Januari-Maret 2021 Di Rumah Sakit Pendidikan Universitas Hasanuddin Makassar (Dibimbing oleh Yoeke Dewi Rasita dan Muh.Nasrum Massi).

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknya mutasi asam amino D614G, E484K, N501Y virus SARS-CoV-2, yang berkontribusi dapat menyusun Variant of Concern, dengan membandingkan D614 sebagai wildtype virus SARS-CoV-2. Penelitian dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik RS Pendidikan Universitas Hasanuddin selama periode Januari-Maret 2021.

Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif dengan mengambil sampel terdeteksi RNA virus SARS-CoV-2 yang memiliki nilai cycle treshold (CT) kurang dari 30 untuk mendapatkan nilai RNA Integrity (RIN) agar dapat dilanjutkan proses Next Generation Sequensing. Hasil sekuensing akan terlihat urutan genom sepanjang 30ribu basa nukleotida virus SARS- CoV-2, dan dapat terlihat jelas ada tidaknya mutasi asam amino D614G, E484K, dan N501Y

Hasil yang diperoleh dari penelitian ini adalah semua 41 total sampel sudah tidak memiliki wildtype D614 dan telah bermutasi menjadi mutasi D614G (100%), namun tidak ada mutasi E484K dan N501Y. Pada sampel yang memiliki mutasi D614G tidak didapatkan hubungan antara komorbid dan jenis kelamin, antara severitas dan jenis kelamin. Pada hubungan antara severitas dan komorbid didapatkan hubungan antara status komorbid dengan severitas COVID-19 (ORa 0,033 95% CI (0,004-0,264), p=0,001). dengan menyesuaikan faktor jenis kelamin dan kelompok usia, maka pasien dengan komorbid memiliki risiko bergejala sedang dan berat sebesar 3,3 kali dibanding yang tidak memiliki komorbid. Pada penelitian ini tidak didapatkan pula adanya susunan mutasi Varian of Concern pada semua sampel.

Kata Kunci : D614G, E484K, N501Y, D614, Next Generation Sequensing