DOCKING SENYAWA BAHAN ALAM GOLONGAN ALKALOID TERHADAP PROTEIN GLIOMA (GLI) DENGAN MENGGUNAKAN PLANTS®

ABSTRAK
Telah dilakukan penelitian dengan tujuan untuk mengetahui senyawasenyawa antikanker dari bahan alam golongan alkaloid yang memiliki afinitas
dan konformasi kimia terbaik terhadap protein glioma (GLI) dengan
menggunakan metode docking PLANTS®
. Target yang dievaluasi merupakan
skor PLANTS®
dan ikatan hidrogen. Program yang digunakan adalah
PLANTS®
(Protein-Ligand Ant System). Ligan yang digunakan sebanyak 27
ligan dan cyclopamine sebagai ligan pembanding yang terdapat dalam
protein dengan perolehan nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) 1,614 Å
serta staurosporinone yang diketahui sebagai penghambat GLI. Setiap ligan
di docking pada protein GLI dengan kode PDB 2GLI dengan menggunakan
dua metode yakni GLI lingkungan berair dan tanpa air. Skor PLANTS®
untuk
ligan Cyclopamine pada metode pertama dan kedua yakni -73,9002 dan -
73,2700. Diperoleh hasil enam ligan yakni camptochecin, homoharringtonine,
pancracristine, sanguinarine, evodiamine, dan vinblastine menunjukkan skor
PLANTS®
yang mendekati skor ligan cyclopamine tetapi ikatan hidrogen tidak
mirip dengan ligan pembanding. Pada ligan evodiamine dan staurosporinone
memiliki ikatan hidrogen terhadap asam amino protein GLI yang sama yaitu
pada GLU 175 dan THR 173 sehingga diprediksi mempunyai mekanisme
kerja yang sama sebagai penghambat GLI.