Keragaman Genetik Ikan Medaka Pulau Muna Oryzias woworae yang Didomestikasi dan yang Berasal dari Habitat Alami = Genetic Diversity of Medaka Fish Muna Island Oryzias woworae domesticated and Derived from Their Naturat Habitat

ADE SEPTIANINGSIH SAPUTRI ARIEF. Keragaman Genetik Ikan Medaka Pulau Muna Oryzias woworae yang didomestikasi dan yang berasal dari habitat alaminya (dibimbing oleh Khusnul Yaqin, Sri Wahyuni Rahim, dan Jamaluddin Fitrah Alam).
Latar belakang. Ikan medaka merupakan spesies model penting yang unik di antara ikan teleostei yang memiliki nilai ekonomi sebagai ikan hias salah satunya adalah spesies O. woworae yang memiliki warna menarik. Ikan O. woworae ini perlu dilakukan analisis DNA karena perkembangan nama pada laju perdagangan lebih cepat dibandingkan dengan nama yang diberikan peneliti sehingga dapat memengaruhi keragaman genetik spesies tersebut. Tujuan. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis keragaman genetik ikan medaka O. woworae natural habitat Fotuno dan O. woworae aquarium fish Depok menggunakan metode DNA barcoding. Metode. Identifikasi dilakukan secara molekuler menggunakan marka DNA mitokondria Cytochrome Oxidase Subunit I (mtDNA COI) dan menggunakan
primer FishF2 dan FishR2. Rekonstruksi pohon filogeni dianalisis berdasarkan Maximum Likelihood menggunakan model Kimura 2-parameter (K2P) dengan boostrap 1000 ulangan menggunakan software MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) ver. 10.1.1 dan variasi genetik dianalisis menggunakan software DnaSP ver. 6.12.03. Hasil. Hasil penelitian diperoleh kesamaan nukleotida yang tinggi pada sampel dan O. woworae yang terdeposit di Genbank yaitu 99,29-99,83%. namun diperoleh variasi genetik yang tinggi pada sampel O. woworae natural habitat Fotuno dengan rasio transisi dan transversi >4 situs. Nilai Jarak genetik pada grup habitat alami memperoleh nilai yang sangat tinggi antar spesies lainnya yaitu 0,62. Nilai jarak genetik ini cukup tinggi untuk jarak genetik dari spesies yang sama. Sedangkan pada grup domestikasi memperoleh nilai jarak genetik yang rendah yaitu 0,01. Kesimpulan. Persentasi kesamaan nukleotida yang tinggi pada sampel O. woworae aquarium fish Depok dan O. woworae natural habitat Fotuno dan O. woworae yang terdeposit di Genbank, namun terdapat variasi genetik dan jarak genetik yang tinggi pada sampel O. woworae natural habitat Fotuno. Hal ini menunjukkan adanya variasi intraspesies pada sampel O. woworae natural habitat Fotuno.

Keywords : Oryzias woworae, DNA, filogenetik, keragaman genetik, Pulau Muna