Studi Perubahan Sifat Termodinamik dan Sifat Struktur Pelipatan Protein Model HP Menggunakan Simulasi Monte Carlo dengan Algoritma Wang-Landau

Masalah pelipatan protein masih menjadi tantangan yang belum terselesaikan bahkan dengan kemajuan ilmu pengetahuan moderen saat ini. Kompleksitas masalah pelipatan protein yang muncul dari begitu banyaknya atom yang membentuk protein dan interaksinya menjadi sebab digunakannya model protein sederhana dan metode komputasi. Dalam penelitian ini, kami mengkaji proses pelipatan protein model HP untuk beberapa protein dengan menganalisis perubahan besaran termodinamik dan struktural sistem. Simulasi Monte Carlo dengan algoritma Wang-Landau dilakukan untuk memperoleh perubahan besaran panas jenis C_v, radius girasi R_g dan τ terhadap T dari sistem. Hasil yang diperoleh akan memperlihatkan gambaran perubahan sturuktur selama proses pelipatan protein. Dari kurva-kurva yang diperoleh kemudian dapat disimpulkan bahwa proses pelipatan model HP melalui 2 tahapan perubahan yang signifikan, yaitu coil-globule collapse yang merupakan proses perubahan struktur protein dari bentuk rantai menjadi bulatan yang lebih padat dan folding transition yang merupakan proses penyusunan monomer-monomer protein sedemikian sehingga jumlah interaksi hidrofobik antara monomer H-H menjadi maksimum.

Kata Kunci: Algoritma Wang-Landau; Model hydorphobic-Polar; Pelipatan Protein; Simulasi Monte Carlo