DETEKSI MARKER MIKROSATELIT DNA PADA UDANG WINDU (Penaeus monodon) YANG DITANTANG DENGAN BAKTERI Vibrio harveyi

ABSTRAK
IKE IKARTI. L22108298. Deteksi marker mikrosatelit DNA pada udang windu
(Penaeus monodon) yang ditantang dengan bakteri Vibrio harveyi. Di
bawah bimbingan Asmi Citra Malina sebagai pembimbing utama dan Andi
Parenrengi sebagai pembimbing anggota.
Penyakit merupakan salah satu kendala terbesar yang dihadapi dalam budidaya
udang windu. Dalam usaha pembenihan dibutuhkan calon induk yang bebas dan
tahan terhadap penyakit. Salah satu metode yang dapat digunakan untuk
memperoleh calon induk sehat dari penyakit adalah dengan menggunakan
marker mikrosatelit ketahanan penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk
mendeteksi marka mikrosatelit DNA ketahanan penyakit pada udang windu yang
resisten maupun tidak resisten terhadap infeksi bakteri Vibrio harveyi. Hewan uji
yang digunakan adalah udang windu (Penaeus monodon). Sampel udang windu
diperoleh dari Instalasi Tambak Percobaan Balai Penelitian Perikanan Budidaya
Air Payau di Takalar. Ukuran hewan uji yang akan digunakan diusahakan
seragam, yakni sekitar 10-15 gram sebanyak 40 ekor. Selanjutnya udang windu
diinjeksi dengan bakteri V. harveyi 106 CFU/mL masing-masing sebanyak 0.1
mL/ekor pada bagian abdominal (intramuscular) segmen ke dua menggunakan
jarum suntik volume 1 mL. Genom DNA diisolasi dari jaringan otot/daging 25 mg
(diambil secara aseptis dari kaki renang) dengan menggunakan metode fenolkloroform. Pada udang windu baik yang resisten maupun yang tidak resisten
memiliki kemurnian dan konsentrasi DNA genom yang sangat tinggi. Selanjutnya
diamplifikasi menggunakan primer spesifik yang didesain berdasarkan informasi
dari Bank Gen dengan nomor akses AF077565. fragmen DNA target menunjukan
bahwa udang yang diamplifikasi berada pada posisi 317 bp untuk yang resistan
penyakit sedangkan yang tidak resistan pada posisi 317 dan 60 bp. Fragmen
posisi 60 bp lebih banyak ditemukan pada udang windu yang tidak resisten
terhadap V. harveyi. Persentase marker mikrosatelit pada udang windu yang
telah diuji tantang tertinggi pada udang windu yang hidup yaitu 86,36 %
sedangkan persentase yang terendah pada udang yang mati yaitu 11,11%. Dari
hasil yang diperoleh menunjukan bahwa marker mikrosatelit DNA dapat
digunakan sebagai penanda ketahanan penyakit pada udang windu terhadap
bakteri patogen khususnya bakteri Vibrio harveyi.