ANALISIS FILOGENETIK VIRUS INFLUENZA A H5N1 ISOLAT ITIK DI KABUPATEN SIDENRENG RAPPANG

Analisis filogenetik virus influenza A H5N1 dilakukan terhadap isolat itik yang berasal dari kejadian luar biasa penyakit unggas di Kabupaten Sidenreng Rappang. Influenza A H5N1 merupakan virus penyebab penyakit infeksi pada unggas yang mengakibatkan kerugian ekonomi yang signifikan serta bersifat zoonosis.
Sampel berupa usap orofaring dan organ (otak, paru-paru, limpa, hati, pankreas) diambil dari unggas (itik dan ayam buras) yang menunjukkan gejala klinis berupa tortikolis, gangguan saraf, kornea mata terlihat keruh, dan kematian terjadi kurang dari satu hari setelah terlihat gejala. Sampel disatukan ke dalam tabung berisi cairan viral transport medium (VTM): 4 tabung usap orofaring itik, 1 tabung usap ayam buras, dan 1 tabung organ itik. Kemudian diinokulasi pada telur ayam berembrio specific antibody negative (TAB-SAN). Selanjutnya virus diisolasi dari cairan korioalantois telur ayam dan diidentifikasi menggunakan uji hemaglutinasi dan hemaglutinasi inhibisi. Isolat positif influenza A H5 kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan sekuensing keseluruhan genom dengan teknik next generation sequencing (NGS) (Illumina).
Dari 6 isolat yang diperiksa teridentifikasi 2 positif influenza A H5. Dipilih 1 isolat dengan titer virus tertinggi untuk dilakukan sekuensing. Hasil menunjukkan bahwa keseluruhan segmen gen virus memiliki homologi tertinggi dengan virus influenza A H5N1 clade 2.3.2.1c dari Indonesia. Analisis penyejajaran ganda gen HA isolat sampel dengan isolat-isolat referensi pada daerah pemotongan menunjukkan pola PQRERRRK-RGLF yang merupakan karakteristik virus influenza unggas patogenesitas tinggi. Kemudian pada posisi 222 diisi oleh glutamin (Q222) dan posisi 224 diisi oleh glisin (G224) yang menunjukkan afinitas tinggi terhadap reseptor unggas (SA α2,3 Gal). Analisis filogenetik gen HA, NA, PB1, PB2, PA, NP, M, dan NS menunjukkan tidak adanya reassortment genetik virus ini.
Penyebab kejadian luar biasa penyakit unggas di Kabupaten Sidenreng Rappang secara filogenetik terbukti sebagai virus influenza A H5N1 clade 2.3.2.1c.