Identifikasi Senyawa Antibakteri Isolat Actinomycete RKS-0.3-13 yang Diisolasi dari Tanah Rizosfer Peperomia pellucida L. di Kawasan Ekosistem Karst

Latar belakang: Infeksi bakteri merupakan penyakit yang memberikan dampak kesehatan global secara signifikan. Infeksi bakteri dapat dicegah dengan pemberian antibiotik. Namun, pemberian antibiotik secara berlebihan dapat menyebabkan resistensi antibiotik. Tingginya angka resistensi antibiotik secara global membuat peneliti terus mengeksplorasi senyawa antibiotik dari bahan alam. Salah satu sumber penemuan senyawa antibiotik berasal dari mikroorganisme seperti Actinomycete. Tujuan: penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa antibakteri isolat Actinomycete RKS-0.3-13 menggunakan instrumen LC-MS (Liquid Chromatography Mass Spectrometry) serta mengidentifikasi secara molekuler isolat Actinomycete RKS-0.3-13 menggunakan penenda gen 16S rRNA. Metode: isolat Actinomycete RKS-0.3-13 dimurnikan dan difermentasi menggunakan dua media dengan (AL) dan tanpa air laut (A) untuk memperoleh skrining media. Setelah itu, dilakukan skrining aktivitas antibakteri terhadap S. aureus dan E. coli dengan menggunakan metode mikrodilusi dan difusi cakram. Isolat yang memberikan aktivitas penghambatan yang tinggi kemudian dilanjutkan pada ekstraksi fase padat dengan cartridge kolom C18 (Sep-Pak) dan masing-masing fraksi dianalisis dengan UFLC dan diuji aktivitas antibakterinya. Fraksi kolom C18 (Sep-Pak) yang aktif sebagai antibakteri kemudian dilanjutkan pada analisis LC-MS. Hasil: skrining aktivitas antibakteri menunjukkan isolat RKS-0.3-13-AL menunjukkan aktivitas penghambatan yang tinggi terhadap S. aureus pada metode mikrodilusi dan difusi cakram. Pada ekstraksi fase padat dengan cartridge kolom C18 (Sep-Pak) menunjukkan aktivitas penghambatan terhadap S. aureus dan analisis UFLC menunjukkan puncak tunggal pada waktu retensi 4,8 menit dan serapan maksimum spektrum UV-visible pada 241 dan 441 nm. Analisis LC-MS menunjukkan puncak ion m/z 1255,5965 yang identik dengan Actinomycin D. Hasil identifikasi molekuler menggunakan penanda gen 16S rRNA menunjukkan isolat RKS-0.3-13 berkerabat dekat dengan Streptomyces parvulus strain Sankarensis-30 KU942527.1 dengan nilai kesamaan 100%. Kesimpulan: berdasarkan analisis UFLC dan LC-MS, senyawa yang memberikan aktivitas antibakteri pada isolat RKS-0.3-13 adalah Actinomycin D.