SELEKSI PRIMER PENANDA MOLEKULER RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) UNTUK AMPLIFIKASI DNA Syzygium samarangense

Syzygium samarangense merupakan salah satu spesies dari famili Myrtaceae yang mengandung senyawa kimia dan aktivitas farmakologis serta memiliki nilai ekonomi yang cukup tinggi, sehingga tanaman ini memiliki peran penting dalam kehidupan masyarakat dan pertanian di Indonesia. Informasi genetik melalui seleksi primer molekuler sangat penting untuk studi genetik dan pengelolaan spesies ini secara optimal. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh primer RAPD yang optimal dan polimorfik pada spesies Syzygium samarangense sebagai dasar analisis DNA pada spesies. Sampel daun digunakan sebanyak 12 individu pohon dengan penggunaan masing-masing sebanyak 0,2 g. Metode penelitian mencakup ekstraksi dan isolasi DNA menggunakan metode CTAB, uji kuantitas DNA menggunakan Qubit 3.0 Flourometer, seleksi 30 primer RAPD menggunakan PCR, serta visualisasi pita DNA menggunakan bahan gel elektroforesis, alat elektroforesis dan Geldoc. Hasil uji kuantitas DNA berada di rata-rata konsentrasi 1,41 ng/µl. 30 primer yang di uji menghasilkan total 14 primer teramplifikasi polimorfik, 6 teramplifikasi monomorfik, dan 10 tidak teramplifikasi. Kesimpulan: Uji kuantitas DNA sampel Syzygium samarangense menghasilkan konsentrasi rata-rata sebesar 1,41 ng/µL. Primer yang teramplifikasi untuk spesies S.samarangense berdasarkan hasil visualisasi elektroforegram dan data tabulasi, dengan pita polimorfik mencakup sembilan primer M33, M147, OPQ07, OPA11, M29, PLB10, OPA02, OPY09, dan PLC14. Primer ini dapat direkomendasikan untuk analisis keragaman genetik spesies S.samarangense.