SELEKSI MARKA MOLEKULER RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) PADA JENIS SALAM (Syzygium polyanthum) UNTUK STUDI GENETIK

Latar Belakang. Informasi mengenai keragaman genetik tanaman salam (Syzygium polyanthum) masih terbatas, padahal spesies ini memiliki potensi penting sebagai tanaman obat dan sumber daya genetik untuk program pemuliaan dan konservasi. Teknik RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan salah satu metode yang dapat digunakan untuk mengidentifikasi variasi genetik melalui seleksi primer yang mampu menghasilkan pita DNA polimorfik. Tujuan. Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi primer RAPD yang efektif dan dapat digunakan dalam analisis genetik pada S. polyanthum. Metode. Penelitian dilakukan menggunakan metode isolasi DNA CTAB pada sampel S. polyanthum yang berasal dari KHDTK Universitas Hasanuddin. Pengukuran kuantitas DNA dilakukan menggunakan Qubit 3.0 Fluorometer, kemudian dilakukan amplifikasi PCR menggunakan 30 primer RAPD yang dilanjutkan dengan visualisasi menggunakan elektroforesis gel agarosa. Hasil. Hasil pengujian kuantitas menunjukkan konsentrasi DNA sampel berada pada kisaran rendah yaitu 0,7–2,2 ng/µl akibat pengaruh kandungan metabolit sekunder, namun tetap efektif untuk proses amplifikasi. Dari 30 primer yang diuji, sebanyak 23 primer berhasil teramplifikasi dengan 5 primer utama menghasilkan pita polimorfik secara jelas, tegas, dan konsisten (M29, OPAC12, OPQ 07, OPAA20, dan OPAE11) pada rentang suhu annealing optimal 32,3–43,5°C. Sementara itu, 18 primer bersifat monomorfik dan 7 primer lainnya tidak teramplifikasi. Kelima primer polimorfik tersebut menghasilkan nilai Polymorphic Information Content (PIC) antara 0,41 hingga 0,49 dengan rata-rata sebesar 0,45 (kategori sedang). Kesimpulan. Seleksi primer RAPD pada S. polyanthum berhasil memperoleh 5 primer polimorfik yang berpotensi digunakan untuk analisis keragaman genetik dan hubungan kekerabatan pada penelitian lanjutan.