KARAKTERISASI SEKUENS NUKLEOTIDA DAN ASAM AMINO PADA BEBERAPA SYZYGIUM SP. YANG BERBASIS LOKUS GEN RBCL DARI DNA KLOROPLAS

Genus Syzygium memiliki beragam potensi yang telah dimanfaatkan secara luas. Potensi tersebut merupakan manifestasi dari ekspresi genetik yang berkaitan dengan karakteristik gen penyandinya. Meskipun demikian, kajian yang mengeksplorasi hubungan antara variasi nukleotida gen rbcL dengan komposisi asam amino dan karakteristik fisikokimia protein pada berbagai spesies Syzygium masih terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik antar spesies Syzygium sp. berdasarkan sekuens nukleotida gen rbcL dari DNA kloroplas, serta menganalisis karakteristik dan profil struktur sekunder 3D proteinnya. Penelitian ini menggunakan pendekatan in silico terhadap sekuens nukleotida dan asam amino. Analisis sekuens nukleotida melalui tahapan pensejajaran dan rekonstruksi pohon filogenetik dengan menggunakan MEGA11. Karakterisasi sekuens asam amino melalui tahapan analisis sifat fisikokimia menggunakan ProtParam, pemodelan struktur 3D protein dengan Swiss-Model dan analisis fungsional dengan InterPro. Hasil analisis nukleotida dengan rekonstruksi filogenetik terbagi ke dalam dua klaster. Profil komposisi asam amino didominasi oleh Treonin, Leusin, dan Glisin, dengan sifat fisikokimia protein yang tergolong hidrofilik, stabil, dan memiliki termostabilitas yang baik. Pemodelan struktur sekunder 3D mengungkap kombinasi α-heliks, β-sheet dan loops/random coils yang bervariasi. Analisis fungsional menunjukkan protein rbcL pada keenam spesies Syzygium memiliki profil fungsional yang sama, yakni teridentifikasi sebagai keluarga enzim RuBisCO yang berperan dalam proses fiksasi karbon serta memiliki aktivitas molekuler berupa pengikatan ion magnesium dan ribulosa bisfosfat karboksilase. Kesimpulannya, rekonstruksi filogenetik menggunakan gen rbcL membentuk jarak genetik yang dekat dan karakteristik protein dari asam amino keenam spesies berbeda. Namun, hasil analisis fungsional sama dalam berperan pada proses fotosintesis.