ANALISIS MIKROBIOMA BAKTERI PADA INFEKSI PERMUKAAN OKULAR MENGGUNAKAN FULL-LENGTH 16S RRNA SEQUENCING BERBASIS OXFORD NANOPORE TECHNOLOGY (ONT)

Identifikasi etiologi bakteri pada infeksi permukaan okular masih menjadi tantangan karena kultur dan PCR terarah dapat melewatkan patogen yang sulit dikultur atau tidak dicurigai sebelumnya. Penelitian ini bertujuan menggambarkan profil mikrobiota bakteri pada pasien infeksi permukaan okular menggunakan metagenomic 16S rRNA. Metode: Penelitian observasional deskriptif dengan pendekatan potong lintang ini melibatkan 16 subjek, terdiri atas 13 pasien infeksi permukaan okular dan 3 kontrol sehat. Kelompok diagnosis meliputi dacryocystitis/canaliculitis, blefaritis, konjungtivitis, dan ulkus kornea. Sampel swab permukaan okular dianalisis menggunakan sekuensing metagenomik 16S rRNA berbasis Oxford Nanopore Technologies. Analisis meliputi identifikasi spesies bakteri, alpha diversity menggunakan Shannon Diversity Index, Simpson's Diversity Index, dan Berger–Parker Dominance Index, serta beta diversity menggunakan Bray– Curtis distance, Jaccard distance, principal coordinates analysis (PCoA), permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA), dan permutational analysis of multivariate dispersions (PERMDISP). Hasil: Pemeriksaan metagenomik 16S rRNA berhasil mengidentifikasi berbagai spesies bakteri dengan profil yang berbeda pada setiap kelompok diagnosis. Escherichia coli mendominasi kelompok dacryocystitis/canaliculitis, Haemophilus parainfluenzae merupakan spesies dengan abundance tertinggi pada kelompok blefaritis dan konjungtivitis, sedangkan Streptococcus thermophilus mendominasi kelompok ulkus kornea. Analisis alpha diversity menunjukkan perbedaan bermakna berdasarkan Shannon Diversity Index (p = 0,007), Simpson's Diversity Index (p = 0,008), dan Berger–Parker Dominance Index (p = 0,010), dengan kelompok dacryocystitis/canaliculitis menunjukkan keragaman terendah dan dominasi spesies tertinggi. Analisis beta diversity menunjukkan perbedaan komposisi komunitas bakteri yang bermakna berdasarkan Bray–Curtis (PERMANOVA: R² = 0,473; F = 2,464; p = 0,001) maupun Jaccard distance (PERMANOVA: R² = 0,372; F = 1,631; p = 0,007). Analisis PERMDISP tidak menunjukkan perbedaan dispersi antar kelompok baik pada Bray–Curtis (p = 0,412) maupun Jaccard (p = 0,622), sehingga mendukung bahwa hasil PERMANOVA mencerminkan perbedaan struktur komunitas mikrobiota antar kelompok diagnosis. Kesimpulan: Pemeriksaan metagenomik 16S rRNA mampu menggambarkan profil mikrobiota bakteri pada berbagai infeksi permukaan okular, termasuk perbedaan komposisi komunitas, tingkat keragaman, dan pola dominasi spesies antar kelompok diagnosis. Temuan ini memberikan data dasar mengenai mikrobioma permukaan okular pada populasi Makassar dan dapat menjadi landasan bagi penelitian lanjutan mengenai pemanfaatan metagenomik dalam karakterisasi mikrobiota infeksi permukaan okular.