OPTIMASI ISOLASI DNA KAYU MANIS (Cinnamomum sp.) DAN SELEKSI MARKA RAPD UNTUK ANALISIS GENETIK=OPTIMIZATION OF DNA ISOLATION OF CINNAMON (Cinnamomum sp.) AND SELECTION OF RAPD MARKERS FOR GENETIC ANALYSIS

HASNIAR. OPTIMASI ISOLASI DNA KAYU MANIS (CINNAMOMUM SP.) DAN SELEKSI MARKA RAPD UNTUK ANALISIS GENETIK dibimbing oleh siti halimah larekeng. Latar belakang. Isolasi DNA pada tanaman kayu manis (Cinnamomum sp.) sering menghadapi kendala akibat tingginya kandungan metabolit sekunder yang dapat menghambat proses ekstraksi, sehingga diperlukan metode yang optimal untuk memperoleh DNA berkualitas tinggi. Tujuan untuk mengoptimalkan metode isolasi DNA serta menyeleksi marka RAPD yang efektif untuk mendukung analisis genetik. Metode. Penelitian menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi dengan variasi teknik penggerusan (penggerusan biasa, dengan buffer CTAB, dan dengan silika pasir) serta variasi waktu inkubasi 60, 120, dan 180 menit. Analisis dilakukan melalui pengukuran konsentrasi DNA menggunakan Qubit 3.0 Fluorometer, uji kualitas dengan elektroforesis gel agarosa, serta amplifikasi PCR menggunakan primer RAPD. Hasil. Metode isolasi dan lama inkubasi berpengaruh terhadap kualitas dan kuantitas DNA. Metode buffer CTAB dengan inkubasi 60 menit memberikan hasil terbaik pada sampel pertama, sedangkan penggerusan biasa dengan inkubasi 120 menit lebih optimal pada sampel kedua. Penggunaan silika pasir menghasilkan konsentrasi DNA lebih rendah, dan kualitas terbaik diperoleh pada inkubasi 60–120 menit. DNA berhasil diamplifikasi dengan baik, dengan primer M29 dan OPZ05 menunjukkan kinerja terbaik bahkan pada konsentrasi rendah. Kesimpulan. Optimasi metode isolasi DNA berhasil melalui kombinasi teknik penggerusan dan waktu inkubasi yang tepat, di mana metode buffer CTAB (60 menit) dan penggerusan biasa (120 menit) paling optimal. Pemilihan primer RAPD, khususnya M29 dan OPZ 05, meningkatkan keberhasilan analisis genetik.