Perbandingan Komposisi Mikrobiom Usus Benih Ikan Bandeng (Chanos chanos Forsskal, 1775) Hasil Budidaya dan Tangkapan Alam Menggunakan Metode Next Generation Sequencing = Comparison of the Gut Microbiome Composition of Milkfish Juveniles (Chanos chanos Forsskal, 1775) From Cultivated and Natural Catch Using the Next Generation Sequencing Method

Ikan bandeng (Chanos chanos Forsskal, 1775) merupakan komoditas perikanan bernilai tinggi di Indonesia. Namun, informasi terkait mikrobiom di usus ikan bandeng budidaya dan tangkapan belum banyak tersedia. Komposisi mikrobiom usus memiliki peran penting terhadap kesehatan, pencernaan, dan pertumbuhan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan membandingkan komposisi mikrobiota usus benih ikan bandeng budidaya dan tangkapan alam, serta menganalisis keanekaragaman dan dominasi bakteri. Penelitian ini menggunakan pendekatan Next Generation Sequencing dengan menganalisis gen 16S rRNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keanekaragaman mikrobiom usus benih ikan bandeng tangkapan alam lebih tinggi dibandingkan dengan benih budidaya, dengan jumlah 743 ASV unik pada tangkapan alam dan 70 ASV unik pada budidaya, serta terdapat 10 ASV yang sama pada kedua kelompok. Mikrobiom usus benih bandeng hasil budidaya didominasi oleh bakteri dari filum Pseudomonadota (58,4%) dan genus Vibrio (61,28%). Sementara benih ikan bandeng tangkapan alam didominasi oleh bakteri dari filum Cyanobacteria (65%) dan genus Cyanobium PCC-6307 (67,58%). Perbedaan komposisi dan dominasi mikrobiom ini menunjukkan pengaruh pemeliharaan, sumber pakan, dan kondisi lingkungan terhadap struktur mikrobiom usus ikan bandeng. Dari hasil penelitian ini disimpulkan bahwa terdapat perbedaan jelas komposisi dan keragaman mikrobiom usus antara benih ikan bandeng hasil budidaya dan tangkapan alam, akibat perbedaan sistem pemeliharaan dan kondisi lingkungan.