Identifikasi Keragaman Gen Calpain (CAPN1) Pada Populasi Ayam Alope Generasi Ke-5 (G5) Hasil Seleksi = Identification of Calpain (CAPN1) Gene Diversity in the Fifth-Generation (G5) Alope Chicken Population Under Selection

Ayam Alope merupakan salah satu hasil seleksi dari ayam lokal Indonesia yang dikembangkan hingga generasi ke-5 (G5) melalui pendekatan in ovo feeding dan seleksi performa unggul. Seleksi tersebut bertujuan untuk meningkatkan produktivitas dan kualitas daging ayam lokal. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman genetik gen Calpain (CAPN1) pada populasi ayam Alope G5 sebagai upaya mendukung program seleksi berbasis marka molekuler. Sebanyak 59 sampel ayam Alope dianalisis menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan DNA sequencing. Fragmen target yang diamplifikasi terletak pada daerah exon 5 dengan panjang 217 bp. Analisis hasil sekuensing menggunakan perangkat lunak BioEdit dan MEGA menunjukkan adanya 12 titik polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) yang membentuk lima haplotype berbeda. Hasil penelitian menunjukkan dominasi alel A dan genotipe AA serta dominasi haplotype H1 (89,83%), yang mencerminkan tingkat homogenitas genetik tinggi akibat seleksi intensif. Nilai heterozigositas yang rendah dan hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg yang seimbang pada 9 dari 10 lokus memperkuat temuan ini. Dengan demikian, meskipun populasi ayam Alope G5 memiliki keragaman genetik yang rendah, keberadaan haplotype minor menunjukkan adanya variasi residual yang penting untuk kesinambungan seleksi jangka panjang.