Deteksi Gen Pathogenesis Related Protein-1 dan Analisis Keragaman Genetik Generasi S2 Jagung Lokal Sinjai dan Tana Toraja, Varietas Nasional, dan CIMMYT Berbasis Marka Simple Sequence Repeat

IIN KUSMAWATI. Deteksi Gen Pathogenesis Related Protein-1 dan Analisis Keragaman Genetik Generasi S2 Jagung Lokal Sinjai dan Tana Toraja, Varietas Nasional, dan CIMMYT Berbasis Marka Simple Sequence Repeat (dibimbing oleh Juhriah dan Rosana Agus). Latar belakang. Pengembangan budidaya jagung di Indonesia menghadapi banyak kendala salah satunya yaitu peningkatan hama penyakit bulai yang disebabkan organisme pengganggu tanaman (OPT). Tumbuhan yang terinfeksi oleh mikroorganisme patogen akan meningkatkan sintesis protein PR sebagai bentuk pertahanan lebih lanjut. Kegiatan perakitan varietas dalam pengembangan budidaya jagung memerlukan pengelolaan plasma nutfah yang memadai untuk menjamin ketersediaannya dari keragaman genetik. Mendeteksi adanya gen tahan bulai dan keragaman genetik melalui metode biomolekuler berbantuan penanda dapat digunakan untuk perbaikan tanaman terkhusus untuk jagung lokal. Tujuan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan gen PR-1 serta menganalisis keragaman genetik generasi S2 dari jagung lokal Sinjai, Tana Toraja, Varietas Nasional, dan CIMMYT. Metode. Penelitian ini memiliki 5 tahap, yakni 1) ekstraksi RNA total dengan prosedur dari Geneaid total RNA mini kit (plant) dan ekstraksi DNA dengan metode modifikasi buffer CTAB; 2) sintesis cDNA; 3) amplifikasi cDNA dengan menggunakan primer PR-1 dan amplifikasi DNA dengan menggunakan 15 primer SSR; 4) visualisasi cDNA dan DNA melalui elektroforesis; 5) analisis keragaman genetik menggunakan perangkat lunak PowerMarker 3,25 dan program UPGMA-SAHN pada perangkat lunak NTSYS. Hasil. Sebanyak 30 sampel jagung generasi S2 yang digunakan terdeteksi memiliki gen PR-1 pada ukuran sekitar 345 bp, sedangkan analisis keragaman genetik menggunakan 15 marka dari 10 lokus kromosom yang tersebar pada jagung diperoleh rata-rata jumlah alel yaitu 10,27 alel/lokus, nilai rata-rata polimorfisme (PIC) sebesar 0,76 dan rata-rata heterozigositas sebesar 0,73. Analisis hubungan kekerabatan menunjukkan nilai koefisien similaritas berkisar 0,56-0,96 dengan lima klaster utama (I-V) pada koefisien similaritas 0,722. Kesimpulan. Gen PR-1 terdeteksi pada seluruh sampel jagung generasi S2 pada ukuran sekitar 345 bp dan penggunaan marka molekuler SSR menghasilkan nilai rata-rata heterozigositas sebesar 0,73, PIC sebesar 0,76 (sangat informatif) serta hubungan kekerabatan dari 30 sampel jagung menunjukkan nilai koefisien similaritas berkisar 0,56-0,96 yang terbagi ke dalam lima klaster (I-V).