Identifikasi Kekerabatan Genetik Ayam Alope dengan Ayam Lainnya Berbasis Marker Dna Mitokondria D-Loop=Identification of Genetic Relationships of Alope Chickens with Other Chickens Based on Mitochondrial D-Loop DNA Markers

Ayam Alope merupakan salah satu jenis ayam yang berasal dari ayam buras yang pada generasi pertama ayam Alope dikembangkan menggunakan sistem In Ovo Feeding (IOF) atau pemberian injeksi asam amino L-arginine kedalam embrio di umur 8 hari masa inkubasi. Selanjutnya, dilakukan proses seleksi pada generasi kedua dan seterusnya, hingga menghasilkan ayam Alope generasi kelima yang memiliki performa unggul. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kekerabatan genetik ayam Alope dengan ayam lainnya menggunakan marker DNA mitokondria pada wilayah D-Loop. Sebanyak 10 sampel darah ayam Alope dianalisis melalui tahapan ekstraksi DNA, PCR, sekuensing, dan analisis bioinformatika menggunakan perangkat lunak MEGA 11.0 dan DnaSP. Parameter yang dianalisis meliputi komposisi nukleotida, haplotype, jarak genetik, dan pohon filogeni. Hasil penelitian menunjukkan bahwa panjang fragmen D-Loop hasil PCR adalah sekitar 600 bp, dengan hasil sekuensing sepanjang 320 bp. Komposisi nukleotida pada ayam Alope didominasi oleh basa sitosin (C) dan timin (T), serta memiliki kemiripan dengan Gallus gallus Red Junglefowl (haplogroup E), Gallus gallus Manado (haplogroup D), dan Gallus gallus Indigenous Chicken dari Kamboja (haplogroup D2). Ayam Alope terbagi ke dalam tiga kelompok haplotype yang berkerabat dekat dengan Gallus gallus Red Junglefowl (haplogroup E), Gallus gallus Manado (haplogroup D), dan Gallus gallus Indigenous Chicken dari Kamboja (haplogroup D2). Jarak genetik antara ayam Alope dan ayam pembanding sangat rendah (0,00), menandakan hubungan kekerabatan yang dekat. Analisis pohon filogeni menunjukkan bahwa ayam Alope membentuk tiga klaster utama (haplogroup E, D dan D2) yang berkerabat dekat dengan ayam lokal dan ayam dari Asia Tenggara.