DETEKSI GEN PR-5 (Pathogenesis Related Protein-5) RESISTEN BULAI DAN ANALISIS KERAGAMAN GENETIK GALUR S2 JAGUNG Zea mays.L LOKAL BONE , SOPPENG, SELAYAR, VARIETAS NASIONAL DAN CIMMYT BERBASIS SSR (SIMPLE SEQUENCE REPEAT)

ABSTRAK SITTI RAHMA. Deteksi Gen PR-5 (Pathogenesis Related Protein-5) Resisten Bulai dan Analisis Keragaman Genetik Galur S2 Jagung Zea Mays L. Lokal Bone, Soppeng, Selayar, varietas nasional dan CIMMYT Berbasis SSR (Simple Sequence Repeat) (dibimbing oleh Juhriah, dan Rosana Agus). Latar belakang. Penurunan signifikan produksi jagung kerap dikaitkan dengan serangan penyakit bulai (Peronosclerospora maydis), sementara varietas jagung dengan ketahanan genetik terhadap penyakit ini masih relatif terbatas. Dibutuhkan pendekatan berbasis molekuler, seperti deteksi gen PR-5 guna mengidentifikasi genotipe jagung yang berpotensi tahan bulai. Tujuan. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keberadaan gen PR-5 resisten bulai serta menganalisis keragaman genetik pada jagung lokal Bone, Soppeng, Selayar, Srikandi kuning (Varietas Nasional), dan CIMMYT untuk mendukung percepatan program pemuliaan tanaman resisten bulai. Metode. Deteksi gen Pathogenesis Related (PR-5) dilakukan dengan mengekstraksi RNA sesuai prosedur Total RNA Mini Kit Plant (Geneaid) dilanjutkan teknik PCR dengan primer spesifik. Analisis keragaman genetik dilakukan menggunakan 15 primer SSR polimorfik. Hasil. Amplifikasi DNA menunjukkan 23 individu yang terdeteksi mengandung gen PR-5 dari 30 sampel yang di uji berdasarkan hasil elektroforesis pada gel agarosa. Analisis keragaman genetik menggunakan 15 primer Simple Sequence Repeat (SSR) menunjukkan nilai polimorfisme (PIC) berkisar antara 0,64 hingga 0,93 dengan rata-rata 0,85. Nilai rata-rata heterozigositas sebesar 0,85, dan rata-rata jumlah alel sebesar 13,20. Individu yang terdeteksi membawa gen PR-5 dengan keragaman genetik tinggi diidentifikasi sebagai kandidat potensial untuk digunakan dalam program pemuliaan jagung unggul tahan penyakit bulai. Matriks kemiripan genetik dihitung dan dianalisis dengan metode UPGMA menggunakan program NTSYS versi 2.2 menghasilkan dendogram dengan membentuk dua klaster utama pada koefisien kemiripan 0,644 yaitu klaster I dan Klaster II. Klaster I terdiri hanya satu individu yaitu PK3 sedangkan Klaster II terdiri dari dua subklaster pada koefisisen kemiripan 0,658 yaitu klaster IIA dan IIB. Klaster IIA terdiri dari 8 individu dan klaster IIB terdiri dari 21 individu yang sebagian besar mencerminkan kedekatan genetik. Kesimpulan. Berdasarkan hasil penelitian, dapat disimpulkan bahwa dari 30 individu jagung yang dianalisis, sebanyak 23 individu terdeteksi memiliki gen ketahanan bulai, yang tersebar pada jagung lokal, Srikandi Kuning, dan jagung CIMMYT. Penggunaan marka molekuler SSR menghasilkan nilai PIC yang yang sangat informatif, mampu menggambarkan keragaman genetik antar individu dalam populasi jagung lokal Bone, Soppeng, Selayar, Varitas Nasional ( Srikandi kuning) dan CIMMYT.