IDENTIFIKASI ISOLAT BAKTERI PROBIOTIK DARI AYAM BURAS Gallus domesticus MENGGUNAKAN METODE GEN 16S rRNA

Probiotik adalah mikroorganisme hidup yang diketahui potensial bersumber dari saluran pencernaan termasuk dari pencernaan ayam buras Gallus domesticus dan BAL sebagai golongan yang lebih banyak dijumpai. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi isolat bakteri probiotik yang diperoleh dari saluran pencernaan Ayam Buras Gallus domesticus secara molekuler dengan metode PCR dan sekuensing gen berbasis 16S rRNA. Uji daya hambat dilakukan untuk mendapatkan isolat potensial dari tiga isolat bakteri probiotik golongan BAL (isolat R4, R5 dan R6), isolat potensial terpilih kemudian dilakukan pengamatan morfologi koloni, morfologi sel dan uji biokimia. Identifikasi secara molekuler (genotipik) dimulai dari ekstraksi DNA, kemudian diamplifikasi dengan primer universal 16S rRNA (63f dan 1387R) menggunakan PCR, lalu dielektroforesis dan dilakukan sekuensing. Hasil sekuens gen dinalisis untuk pencarian homologi menggunakan program BLAST, sedangkan konstruksi filogenetik menggunakan software MEGA-X dengan penjajaran sekuens gen melalui program ClustalW. Hasil uji daya hambat menunjukkan isolat R6 lebih potensial sebagai antibakteri dengan diameter zona hambat 10.9 mm terhadap E. coli (kuat) dan 15 mm terhadap S. aureus (sangat kuat). Isolat R6 merupakan bakteri Gram-positif tunggal yang berbentuk batang, warna koloni putih pucat, permukaan koloni halus, elevasi koloni cembung, bentuk koloni melingkar, tepian koloni rata, katalase negatif, non-motil dan heterofermentatif. Hasil amplifikasi menggunakan PCR menunjukkan amplikon 1300 bp dari sekuens DNA gen 16S rRNA dan merupakan bakteri Lactiplantibacillus plantarum berdasarkan hasil analisis sekuensnya, sedangkan melalui analisis filogenetik menunjukkan kekerabatan terdekat dengan Lactiplantibacillus plantarum strain P92.
Kata kunci: Identifikasi, Bakteri Probiotik, Ayam Buras Gallus domesticus, Gen 16S rRNA.