Identifikasi Kekerabatan Genetik Ayam Alope dengan Ayam Lainnya Berbasis Marker DNA Mitokondria Cytochrome B = Identification Of Genetic Relationship Of Alope Chicken With Other Chickens Based On Mitochondrial DNA Marker Cytochrome B

Ayam Alope merupakan salah satu jenis ayam yang berasal dari ayam buras yang pada generasi pertama ayam Alope dikembangkan menggunakan teknik in ovo feeding atau pemberian nutrisi melalui teknik injeksi pada telur. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi kekerabatan genetik ayam Alope dengan ayam lainnya berdasarkan analisis sekuens gen mitokondria Cytochrome B. Penelitian ini menggunakan 10 sampel ayam Alope serta 13 sekuens ayam pembanding dari GenBank yang telah dikelompokkan berdasarkan haplogroup. Metode penelitian meliputi beberapa tahap yaitu koleksi sampel, ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, elektroforesis produk ekstraksi dan PCR, sekuensing, serta analisis bioinformatika berupa jarak genetik, pohon filogeni, haplotype dan komposisi nukleotida. Analisis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis deskriptif yaitu menganalisis hubungan kekerabatan ayam Alope dengan ayam lain. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ayam Alope memiliki kekerabatan genetik yang erat dengan ayam lokal dari Indonesia, yaitu G. gallus Manado, G. gallus Lombok, dan G. gallus Nunukan, serta ayam dari luar negeri, yaitu G. gallus Autochthonic chicken (Laos), G. gallus Red Junglefowl (Thailand), dan G. gallus Tulufan (China), dengan nilai jarak genetik 0,000 dan komposisi nukleotida yang sama. Seluruhnya tergolong dalam haplotype 1 dan haplogroup D. Dengan demikian, ayam Alope dapat dikategorikan sebagai bagian dari Gallus gallus domesticus hasil pemuliaan modern yang berasal dari populasi ayam kampung Indonesia, yang memiliki kesamaan sekuens gen Cytochrome B dan hubungan kekerabatan yang erat dengan ayam lokal dari kawasan Asia Tenggara dan Asia Timur.