Sifat Termodinamik Pelipatan Protein Model H0P Semi-Fleksibel Menggunakan Algoritma Wang-Landau

Latar belakang. Protein merupakan makromolekul kompleks yang melipat ke dalam struktur tiga dimensi spesifik yang dikenal sebagai struktur asli. Tantangan utama dalam memahami pelipatan protein terletak pada banyaknya konfigurasi struktural yang mungkin terbentuk dari urutan asam amino, sehingga memerlukan pendekatan eksperimental dan komputasi. Tujuan. Penelitian in bertujuan menganalisis mekanisme pelipatan protein menggunakan grafik perubahan besaran C_V, Dan mengevaluasi efesiensi dan efektif kinerja algoritma Wang-Landau pada model H0P semi-fleksibel. Metode. Dalam penelitian ini, untuk memperkirakan densitas keadaan (DOS) secara efisien, algoritma Wang-Landau diterapkan sebagai metode utama, sehingga memungkinkan perhitungan besaran termodinamik yaitu panas jenis (C_V). Hasil. Dalam penelitian ini, tiga jenis protein dengan urutan asam amino yang berbeda digunakan untuk mensimulasikan pelipatan dan perubahan sifat termodinamik pada berbagai suhu. Hasil simulasi menunjukkan adanya perubahan signifikan pada sifat struktural dan termodinamik protein, terutama C_V yang menunjukkan transisi fase. Selain itu, algoritma Wang-Landau terbukti efektif dalam menjelajahi ruang konfigurasi energi yang luas dan memberikan hasil yang akurat dengan waktu komputasi yang efisien. Namun, seiring dengan bertambahnya kompleksitas dari model protein, efektivitas dan efesiensi dari algoritma Wang-Landau terbukti menjadi semakin berkurang. Hal ini menunjukkan diperlukannya peningkatan pada metode ini untuk model-model protein selanjutnya yang lebih kompleks. Kesimpulan. Penelitian ini berhasil mengonfirmasi efektivitas algoritma Wang-Landau pada model H0P semi-fleksibel dalam memodelkan pelipatan protein, meskipun ada tantangan untuk model yang lebih kompleks.