Analisis Mutasi Gen Terkait Latensi Rv2660c dan rpfE Isolat Klinis Mycobacterium tuberculosis di Sulawesi Selatan, Indonesia

ABSTRAK
SADIYA. Analisis Mutasi Gen Terkait Latensi Rv2660c dan rpfE Pada Isolat
Klinis Mycobacterium tuberculosis di Sulawesi Selatan, Indonesia (dibimbing
oleh Muh. Nasrum Massi dan Astutiati Nurhasanah).
Tuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan global yang serius. Kandidat
vaksin TB baru yang lebih baik memiliki efikasi perlindungan yang berkelanjutan,
dan antigen yang terkandung dalam vaksin idealnya stabil di seluruh garis keturunan
genetik yang berbeda dari strain klinis Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis).
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi variasi genetik gen Rv2660c dan rpfE pada
isolat klinis M. tuberculosis Sulawesi Selatan, dampak mutasi terhadap urutan asam
amino dan hubungan kekerabatan antar lineage M. tuberculosis. Pada penelitian ini
dilakukan PCR- Sekuensing 40 isolat klinis M. tuberculosis Sulawesi Selatan untuk
masing- masing gen Rv2660c dan rpfE, dilanjutkan dengan analisis mutasi dan
filogenetik menggunakan program BioEdit dan Mega 11. Ditemukan satu titik mutasi
missense Phe47Leu (2,5%) pada gen Rv2660c. Pohon filogenetik menunjukkan
mutasi ini memiliki homologi terhadap dua isolat M. tuberculosis lineage 2.1 (M.
tuberculosis strain 24 dan M. tuberculosis strain 4) dan satu isolat berasal dari lineage
yang tidak diketahui (M. tuberculosis SEA14117P6C4). Pada gen rpfE ditemukan
tiga mutasi missense yaitu Arg126Gln (100%), Thr20Arg (12,5%), and Pro35Ser
(5%), menunjukkan isolat dengan mutasi Arg126Gln homolog dengan keenam isolat
lineage (L1-L6). Isolat dengan mutasi Thr20Arg homolog dengan strain M.
tuberculosis lineage 2. Isolat dengan mutasi Pro35Ser tidak memiliki kesamaan
dengan keenam lineage M. tuberculosis (L1-L6). Nilai bootstrap di bawah 70%
mengindikasikan rendahnya variasi genetik dan populasi sampel. Jadi, Mutasi
gen Rv2660c dan rpfE dtemukan berdampak pada perubahan urutan asam amino.
Secara filogenetik, mutasi memiliki kesamaan dengan beberapa strain lineage M.
tuberculosis dan terdapat mutasi khas ditemukan pada isolat klinis di Sulawesi
Selatan.