ANALISIS KERAGAMAN DNA RUMPUT LAUT EUCHEUMATOID DI PESISIR PANTAI LUWU UTARA DAN TAKALAR MENGGUNAKAN MARKA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Genus Eucheuma J. Agardh, Kappaphycus serta Betaphycus Doty adalah genus alga merah (Rhodophyta) penghasil karagenan (Eucheumatoid atau Carragenophyte). Di Indonesia, termasuk di Sulawesi Selatan, rumput laut yang banyak dibudidayakan adalah dari jenis carragenophytes. Produksi rumput laut yang tinggi di Indonesia disinyalir karena area budidaya yang luas, belum karena kemajuan teknologi. Produksi dan produktivitas rumput laut dapat ditingkatkan antara lain melalui penggunaan varietas unggul. Dalam perakitan varietas, dibutuhkan informasi hubungan kekerabatan antar calon induk untuk memperoleh efek heterosis yang tinggi. Hubungan kekerabatan antara plasma nutfah carragenophytes dapat diketahui melalui analisis secara molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman varietas rumput laut Eucheumatoid yang dibudidayakan di Pesisir Munte dan Poreang, Kabupaten Luwu Utara serta Puntondo, Kabupaten Takalar menggunakan marka molekuler RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Oktober 2022 – Mei 2023. Sampel yang digunakan sebanyak lima varietas dari empat spesies Eucheumatoid (K. alvarezii var. Filipina, E. denticulatum var. Poreang, Kappaphycus sp., K.striatus, E. denticulatum var. Puntondo. Sebanyak sepuluh primer RAPD terseleksi yang digunakan pada penelitian ini yaitu primer A10, A13, OPA-4, OPC-08, OPS-22, OPS-23, OPS-24, OPS-27, OPS-65, dan OPS-68. Pita DNA hasil amplifikasi diskoring kemudian dianalisis nilai PIC (polymorphic information content) dan heterozigositas menggunakan formula (Gou et al. 2014) dan (Wallace, 2013). Untuk memperoleh gambaran kekerabatan dan jarak genetik antar varietas dianalisis dengan menggunakan software NTSYS-pc versi 2.02i dan 2.11a. Hasil peneltian menunjukkan bahwa nilai PIC tertinggi ditunjukkan oleh primer OPA-4 dengan nilai 0.40 dan nilai PIC terendah ditunjukkan oleh primer OPS-22 dengan nilai 0.32. Nilai heterozigositas lima varietas carragenophytes berkisar 0.46 – 0.48. Primer/marka OPC-08 berhasil mendiskriminasi kelima varietas ke dalam dua kelompok yaitu kelompok Kappaphycus dan kelompok Eucheuma. Kappaphycus alvarezii memiliki kekerabatan yang lebih dekat dengan Kappaphycus sp. dibandingkan dengan Kappaphycus striatus, sedangkan Eucheuma denticulatum var. Poreang dan Eucheuma denticulatum var. Puntondo membentuk kelompok sendiri dan terpisah dari kelompok Kappaphycus. Fragmen DNA spesifik K. alvarezii adalah primer A10 (625 bp), OPS-22 (260 bp), OPS-23 (380 bp), dan OPS-27 (2250 bp). Sedangkan fragmen DNA spesifik E.denticulatum adalah primer A10 (2500 bp), A13 (546 dan 735 bp), OPC-08 (1500 bp), OPS-23 (375 dan 500 bp), OPS-27 (437 bp), dan OPS-65 (281 bp). Hasil penelitian bermanfaat sebagai acuan untuk menemukan marka-marka spesifik pada eucheumatoid untuk meningkatkan produktivitas.