Pengembangan Metode Diagnostik Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) dengan Metode Pembacaan Kuantitatif Terbaru Berupa Biosensor pH untuk Mendeteksi SARS-CoV

Reverse transcription loop mediated isothermal amplification (RT-LAMP) adalah salah satu alternatif pemeriksaan molekuler yang lebih cepat dan sederhana daripada reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) yang merupakan gold standard untuk mendeteksi SARS-CoV-2. Metode paling sederhana dari beberapa metode pembacaan hasil amplifikasi RT-LAMP adalah metode kolorimetrik. Namun, metode ini bersifat subjektif sehingga memiliki risiko bias yang tinggi. Untuk mengatasi subjektivitas tersebut, pada penelitian ini kami mengembangkan uji molekular RT-LAMP menggunakan gen N SARS-CoV-2 sebagai target, yang dikombinasikan dengan metode pembacaan kuantitatif terbaru berupa biosensor pH portabel serta dibandingkan dengan pemeriksaan kualitatif berupa kolorimetrik dan gel elektroforesis. Uji molekular ini kemudian divalidasi menggunakan 57 sampel yang telah dikonfirmasi menggunakan pemeriksaan RT-PCR. LoD pemeriksaan ini adalah 103 salinan/μl. Terdapat perubahan warna yang tidak jelas menjadi jingga pada beberapa sampel dengan nilai Ct yang hampir rendah (>28). Dari ketiga metode pembacaan yang diuji, sensitivitas tertinggi terdapat pada kolorimetrik dan gel elektroforesis (93,75%), sedangkan spesifisitas dan likelihood ratio tertinggi terdapat pada sensor pH (84% dan 5,47). Pada pengukuran sensor pH, terdapat perbedaan yang signifikan (p <0,0001) antara pH rata-rata sampel RT-PCR (+) (6,15 ± 0,27) dengan pH rata-rata sampel RT-PCR (-) COVID-19 (6,72 ± 0,22). Analisis korelasi menunjukkan terdapat korelasi yang kuat (r = 0,78, p <0,0001) antara nilai Ct yang diperoleh dari RT-PCR dengan sensor pH. Dengan performa yang cukup baik ini, RT-LAMP dengan metode pembacaan sensor pH kuantitatif dapat dikembangkan lebih lanjut sebagai pemeriksaan molekuler untuk deteksi SARS-CoV-2 yang cepat dan sederhana.