Studi Perubahan Sifat Struktur dan Termodinamik Pelipatan Protein Model H0P Menggunakan Simulasi Monte Carlo dengan Algoritma Wang-Landau

Pelipatan protein merupakan proses melipatnya suatu protein dari bentuk satu dimensi ke bentuk tiga dimensi sebagai bentuk fungsionalnya, dan proses ini sangat sulit untuk dikaji secara eksperimen karena protein memiliki bentuk yang sangat kompleks. Oleh karena itu, dibutuhkan model penyederhanaan bentuk protein dan metode untuk mensimulasikan pelipatan protein. Model yang digunakan pada penelitian ini yaitu model H0P, dimana asam amino pembentuk protein dipetakan dalam 3 monomer: ‘H’ untuk hidrofobik, ‘0’ untuk netral, dan ‘P’ untuk polar. Pada penelitian ini penulis mensimulasikan pelipatan protein menggunakan simulasi Monte Carlo (MC) dengan Algoritma Wang-Landau (WL). Adapun tujuan dari algoritma WL yaitu untuk menghitung density of states (DOS) secara langsung, kemudian menghitung besaran termodinamik berupa panas jenis (Cv) dan besaran struktural berupa ragius girasi (Rg) dan tortousitas (τ). Berdasarkan kurva perubahan Cv(T), Rg(T), dan τ(T), didapatkan bahwa pelipatan protein akan melewati dua proses yaitu, coil-globule collapse dan folding transition.