Keragaman dan Karakterisasi Isolat Mikroba dari Feses Rusa Menggunakan Analisis Konvensional dan Metagenomik

Kelimpahan relatif adalah proporsi yang dipresentasikan oleh masing-masing spesies dari seluruh individu dalam suatu komunitas. Untuk mengetahui kelimpahan relatif mikroba pada rusa dapat dilakukan melalui deteksi keragaman pada feses. Deteksi keragaman akan dilakukan menggunakan dua metode yakni analisis konvensional dan metagenomik. Pengambilan sampel dilakukan di Penangkaran Rusa Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2019 – Februari 2020 di beberapa tempat antara lain isolasi dan identifikasi jamur di Laboratorium Mikrobiologi Hewan Universitas Hasanuddin, isolasi dan identifikasi bakteri di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Universitas Hasanuddin, isolasi DNA di Laboratorium Biologi Molekuler Universitas Hasanuddin, analisis metagenomik di Macrogen Inc, Korea. Tahap yang dilakukan pada isolasi jamur yakni pembuatan media, isolasi dan identifikasi secara makroskopis. Sedangkan, Isolasi bakteri antara lain isolasi dan identifikasi menggunakan uji vitek, morfologi dan katalase. Analisis metagenomik melalui tahap isolasi DNA dan pengambilan purity DNA. Hasil penelitian dari analisis konvensional ditemukan jamur Actinomycetes serta beberapa bakteri antara lain Klebsiella pneumoniae ssp pneumoniae, Escherichia fergusonii, Staphylococcus gallinarum kemudian hasil uji morfologi dan katalase diduga Listeria sp. Hasil dari analisis metagenomik yakni persentase keragaman bakteri pada feses rusa antara lain untuk tingkat filum yakni Firmicutes (68,547%) dan Bacteroidetes (23,356%). Tingkat famili didominasi oleh Ruminococcaeae (30.959%) dan Lachnospiraceae (11,398%). Tingkat genus adalah Ruminococcus (5,65%). Perbedaan keragaman bakteri pada analisis konvensional dan metagenomik dipengaruhi oleh prinsip metode yang digunakan, pada analisis konvensional hanya mampu identifikasi bakteri yang dapat dikulturkan sedangkan analisis metagenomik identifikasi bakteri berdasarkan basis data DNA pada sekuens mikroba
Kata Kunci : DNA, Feses, Metagenomik, Mikroba, Rusa.