Identifikasi, keragaman genetik dan evolusi ikan gabus (Channa striata Bloch, 1793) di wilayah Wallacea dengan ikan gabus di wilayah geografis lainnya = Identification, genetic diversity and evolution of snakeheads (Channa striata Bloch, 1793) in the Wallacea region compared with other geographic areas

Populasi ikan gabus di beberapa wilayah perairan Wallacea telah menunjukkan kondisi yang memprihatinkan karena tekanan penangkapan dan antropogenik yang tinggi sehingga upaya pengelolaan yang tepat harus dilakukan. Salah satu informasi penting dalam menyusun strategi konservasi dan pengelolaan yang tepat yaitu informasi terkait spesies dan hubungan kekerabatan yang akurat yaitu secara molekuler. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, menganalisis keragaman genetik, dan menelusuri evolusi ikan gabus di wilayah Wallacea dengan ikan gabus di wilayah geografis lainnya. Informasi tersebut bermanfaat untuk memastikan status taksonomi dan kualitas populasi sebagai dasar penentuan strategi konservasi dan pengelolaan yang tepat serta bermanfaat dalam menyusun program breeding ikan gabus. Identifikasi ikan gabus dilakukan secara molekuler menggunakan marka DNA mitokondria Cytochrome Oxidase Subunit I (mtDNA COI). Rekonstruksi pohon filogeni berdasarkan Maximum Likelihood menggunakan model Kimura 2-parameter dengan boostrap 1000 ulangan yang dianalisis dengan software MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) ver. 10.1.1. Analisis variasi genetik dan evolusi menggunakan program DnaSP ver. 6.12.03 dan Network ver. 5.0.1.1. Penelitian ini berhasil mengisolasi delapan parsial sekuen gen COI ikan gabus dari empat populasi di wilayah Wallacea dengan panjang sekuen 647 bp dan berhasil mengidentifikasi penanda polimorfik dan memetakan mutasi pada gen COI ikan gabus. Ikan gabus dari Wallacea mengcover 99% - 100% nukleotida gen COI C. striata di database GenBank dengan homologi >98% dan nilai e-value 0,00 yang menunjukkan bahwa ikan gabus pada penelitian ini adalah Channa striata. C. striata Wallacea terdiri dari tiga haplotipe dengan lima situs polimorfik (single nucleotide polymorphism, SNP). Tidak terdeteksi mutasi pada nukleotida COI C. striata di kompleks Danau Tempe (DT9, DT10), Sungai Patampanua (PL4, PL8), dan Sungai Bojo (BJ26, BJ27) sehingga C. striata di ketiga lokasi tersebut memiliki haplotipe yang sama (H_1), sedangkan pada C. striata di drainase tersier Tangkoli (T1, T2) terdeteksi mutasi sehingga memiliki dua haplotipe berbeda. Kedua haplotipe (H_2 dan H_3) di drainase tersier Tangkoli tersebut unik karena berbeda dengan haplotipe C. striata di wilayah geografis lainnya. Jarak genetik intraspesifik C. striata tergolong rendah (0,0015 – 0,0201) dan jarak genetik interspesifik cukup besar berkisar (0,1267 – 0,2133) yang menunjukkan bahwa laju mutasi di dalam genus Channa tergolong besar. Evolusi haplotipe menunjukkan bahwa C. striata di Wallacea dengan C. striata di Kalimantan, Jawa, dan Bali berasal dari leluhur yang sama dan berbeda dengan C. striata di Lampung (Sumatera) yang memiliki leluhur yang berbeda, sedangkan C. striata di Filipina dan Vietnam memiliki leluhur yang sama dan berbeda dengan C. striata di Wallacea, Lampung (Sumatera), Malaysia, dan China. Pola komposisi nukleotida gen COI C. striata sama dengan pola komposisi nukleotida Teleostei, bahkan superclass Pisces pada umumnya yaitu T>C>A>G dengan persentase basa G+C (45,60% - 46,21%) lebih kecil dari A+T (53,79% - 54,40%).
Keywords : Channa striata, Cytochrome Oxidase Subunit I (COI), haplotipe, mutasi, polimorfik, SNP